La Gobernación Marítima de Valdivia es una de las más antiguas y la actividad marítima se desarrolla en su jurisdicción desde antes de su propio nacimiento con la conquista de los Españoles en pleno siglo XVIII.- Fue creada por Ley el 30 de Agosto de 1848, durante la Presidencia de Don Manuel Bulnes, siendo el Puerto de Corral su base donde se mantuvo hasta 1940, año en que se trasladó a la ciudad de Valdivia.

Luego del terremoto del año 1960, las oficinas administrativas dejaron el edificio de la costanera y se trasladaron a un edificio del centro de la ciudad, quedando sólo en la costanera la guardia que despachaba y recibía las embarcaciones.

En 1961 el edificio de la costanera fue demolido, ya que se vió afectado por el terremoto, quedando por un tiempo la Gobernación Marítima funcionando en su totalidad en el tercer piso de un edificio ubicado en Picarte con Camilo Henríquez.

Posteriormente comenzó a funcionar la guardia en un edificio que se encontraba ubicado en la calle Maipú, frente al Hotel Schuster. Con el pasar de los años fue trasladándose parte de los archivos al edificio de la costanera.

Los terrenos donde se encuentra ubicada actualmente fueron destinados al Ministerio de Defensa Nacional, Subsecretaría de Marina por Decreto Exento del Ministerio de Bienes Nacionales N° 52, del 18 de Diciembre de 1980, y Decreto Exento N°82 del 10 de Septiembre de 1984.

Las dependencias que se ubican actualmente en la Avda. Arturo Prat poseen un total de 1.507,14 m², de los cuales están construídos 626,7 m², y que alberga a la Gobernación Marítima y Capitanía de Puerto de Valdivia.

El edificio lleva por nombre "INGENIERO CARLOS WARNER", insigne marino que nació en Inglaterra el 14 de Agosto de 1852. En su juventud vino a Chile radicándose en Valparaíso.- En la campaña de 1879 contra el Perú, se embarcó en la cañonera "MAGALLANES" como oficial ingeniero, participando en el Combate de Chipana el 12 de Abril del mismo año. El 10 de Julio, siempre en la misma cañonera, se halló en un encuentro nocturno que se sostuvo contra el monitor peruano "HUASCAR" trasbordado después al "COCHRANE", el Ingeniero Carlos Warner participó en el célebre combate de Angamos que dio por resultado la captura del HUASCAR, y por ende el dominio virtual del mar por la Escuadra Chilena.