Los inicios de esta Gobernación Marítima comienzan a gestarse en Noviembre de1849 con el desembarco en la caleta Melipulli del Capitán de Corbeta Sr. Benjamín Muñoz Gamero, quién unido a 4 veleros, que conducían colonos alemanes, se unieron al movimiento que ya poseía esta caleta, vislumbrando un positivo aumento con el pasar de los años.

Este aumento del movimiento marítimo, llevó al Presidente de la República de ese entonces, Don Manuel Montt, el día 01 de Octubre de 1859 a firmar la Ley por la cual se creaba la "Gobernación Marítima de Llanquihue", que comprendía el litoral de esta provincia y cuya sede era Puerto Montt. Una de sus tareas principales era controlar el estado de las naves de cabotaje internacional de madera, actividad de mucho auge en aquella época. Con la creación de esta Gobernación, los Comandantes de ésta dieron gran importancia a los trabajos de señalización marítima y de cabotaje tanto regional y nacional, que se relacionaban directamente al constante crecimiento que presentaba la zona, lo que se confirmó al ser declarada "Apostadero Naval" cuando se encontraba en esta el ex–crucero Errázuriz como buque secuela de pilotines.

En su origen la ubicación de la Gobernación Marítima fue frente a la Plaza de Armas, cerca del antiguo muelle de pasajeros, ya que aún no se construía el puerto de Angelmó. Posteriormente (1940) fue trasladada por un corto período a calle Ancud de esta ciudad.

La jurisdicción de esta Gobernación Marítima ha sufrido modificaciones desde su creación, delimitándose en el año 1943 por el norte hasta el río Cholguaco (la que se mantiene hasta los días de hoy) y por el sur hasta el cabo Tres Montes y que incluía como Capitanías de Puerto a Puerto Varas, Maullín, Calbuco, Cochamó, Yelcho, Melinka, Aysén y Lago Buenos Aires. El límite sur fue modificado 10 años más tarde, alcanzando hasta el río Palena y los lagos ubicados dentro de los límites. En la actualidad, el límite sur comprende hasta caleta Ayacara y las Capitanías de Puerto de Puerto Montt, Calbuco, Puerto Varas y Maullín.