Cuando Arica pasó a poder de los chilenos el día 07 de Junio de 1880 y por expresa orden del General en Jefe de las Fuerzas Expedicionarias, General Dn. Manuel BAQUEDANO, se dispone la creación de la Gobernación Marítima del Puerto de Arica, nombrando para tal efecto, a Dn. Marcial Rodríguez V. como Gobernador Marítimo del Puerto Mayor de Arica.
Siendo Dn. Marcial Rodríguez V. un Empleado Civil de mucho prestigio y con conocimiento sobre el manejo de carga y operación de puertos, se desempeña sin mayores problemas en un galpón ubicado al lado del antiguo muelle (según los lugareños en 1880), cumpliendo sus misiones como empleado de Hacienda dependiente de la Armada.
La primera dotación de esta Gobernación Marítima, estaba conformada por un Cabo de Matrícula, un Patrón de Bote, cuatro marineros, más un práctico que fue enviado desde Valparaíso, con mucha experiencia en maniobrar con velas, pues un alto porcentaje de las naves que recalaban en Arica, venían con sus máquinas en muy mal estado y la maniobra de fondeo o amarre a boyas se efectuaba generalmente a vela.
Solamente en el año 1887 y después de haber servido a la Armada por siete años Dn. Marcial Rodríguez V., deja su cargo para entregarlo al que sería el primer gobernador marítimo netamente naval y oficial, el Capitán de Corbeta Sr. Carlos KRUG J.
El actual edificio que ocupa la Gobernación Marítima y Capitanía de Puerto, fue construido en el año 1926.
