Luego de la Primera Junta Nacional de Gobierno los puertos abiertos al comercio marítimo de la Capitanía General de Chile, dependientes del Virreinato del Perú estaban controlados por funcionarios denominados capitanes de puertos. Estos se regían por ordenanzas navales, reglamentos generales de la policía marítima del año 1793, promulgado por el Rey Carlos V de España. Estos capitanes de puertos, tenían bajo sus ordenes a los directores de gremios de mar, y cabos y alguaciles de matricula.

El 30 de agosto de 1848, siendo Presidente de la República don Manuel Bulnes se dictó la ley que reorganizó este servicio, el cual con el nombre de Dirección General del Territorio Marítimo, quedó bajo el mando y dirección del Comandante General de Marina y de donde se establecieron las juridicciones de las Gobernaciones Marítimas y subdelegaciones marítimas que se crearon, las cuales deberían ser como mas conviniera a la matricula de la gente de mar, a la mejor defensa de la costa, a la buena policía de los mares de la república y la protección de los intereses fiscales.

Bajo esta organización el edificio de la Gobernación Marítima de Punta Arenas, fue construido aproximadamente en 1895, el Decreto Supremo del Ministerio de Tierras y Colonización N° 099 del 14 de enero de 1930, destinó el terreno para su construcción, es decir 47 años después de la creación del Servicio.

Posteriormente en por el D.F.L N° 292 del 25 de julio de 1953, se dio una nueva orgánica al Servicio, anexando a la Gobernación Marítima del Territorio de Magallanes a las demás gobernaciones marítimas.

La Gobernación Marítima del Territorio De Magallanes, se encontraba emplazada en la calle Llanquihue (hoy O'higgins), entre calle Coquimbo (hoy Errázuriz) y calle Concepción (hoy Roca). Edificio que la albergo hasta el 5 de marzo de 1989, ocasión en la noche de ese mismo día aproximadamente a las 22:00 hrs. Fue destruida por un foraz incendio.

Con posterioridad al incendio Gobernación Marítima de Punta Arenas, habilitó sus oficinas en el actual Centro Zonal de Telecomunicaciones Marítimas, para luego proseguir funcionando en el mes de mayo de 1990, en la excasa del administrador de ASMAR (M.), recinto colindante en donde permaneció hasta el 12 de octubre de 1997.

El 13 de octubre de 1997, se inaugura el actual edificio que alberga las dependencias de la Gobernación Marítima y Capitanía de Puerto de Punta Arenas, pasando a denominarse edificio Juan José Tortel, en homenaje a quien fundara la Gobernación Marítima del Territorio de Magallanes.

En la actualidad la Gobernación Marítima de Punta Arenas, consta de 6 pisos; en el zócalo y primer piso, funcionan las dependencias de la Capitanía de Puerto y la Gobernación Marítima funciona en el segundo piso y en las manzardas del segundo, tercer y cuarto piso para luego dar paso en los pisos tres, cuatro, cinco y seis, las dependencias de habitabilidad del personal. Quedando adosado en un costado, la Radio Estación Zonal de Telecomunicaciones Marítimas de Punta Arenas.

El Centro Zonal de Señalización Marítima, actualmente ocupa terrenos arrendados en comodato 4 titulo gratuito de la empresa portuaria austral, el que vence el 31 de diciembre de 1998, mientras se terminan sus nuevas dependencias, ubicadas en sector de Av.enida Costanera y Avenida Colón.