Los antecedentes históricos, indican que inicialmente el edificio fue ocupado por la Radio Estadio Naval de Puerto Aysén desde el año 1925, y con fecha 30 de Abril del año 1958 fue firmada el acta de entrega de este edificio a la Dirección del Litoral y Marina Mercante, así denominada en ese entonces. Firmó la entrega el Suboficial Radiotelegrafista Ricardo Darío Ponce y se recibió el Sr. Nereo Bustos Urquiza, Subdelegado Marítimo de Segunda Clase y Gobernador Marítimo de Aysén, actuó como interventor el Segundo Comandante de la Barcaza "Goicolea". Teniente 2º Sr. Gonzalo Peralta Hirsch. Todo en cumplimiento a lo dispuesto por el mensaje Nº822 de fecha 26 de Abril de 1958, del Sr. Comandante de la Base Naval de Puerto Montt.
Las instalaciones antiguas que ocupaba la repartición, dependiente de la Dirección General del Territorio Marítimo y de Marina Mercante (DIRECTEMAR), en la actualidad son utilizadas para habitabilidad y cámaras para el personal.
Gobernación Marítima de Aysén
La Gobernación Marítima de Aysén esta ubicada en la ribera norte del Río Aysén y su jurisdicción comprende desde el paralelo 43°44'25" sur por el norte, y por el sur hasta la línea recta trazada de la cumbre del cerro Chaltel o Fitz Roy, sobre el límite con Argentina, hasta el extremo oriental del seno iceberg o témpano; luego desde su extremo oriental hasta el Canal Messier, continuando por los canales Adalberto y del Castillo hasta el mar de Chile, incluyendo los lagos General Carrera, Cochrane y O'Higgins.
El 07 de Diciembre del 2009, se inaugura el actual edificio que alberga las dependencias de la Gobernación Marítima de Aysén.
El nuevo edificio de la Gobernación Marítima de Aysén, consideró la construcción de un Edificio para Oficinas de tres pisos de 457 M2 y otro edificio de un piso para Pañoles, almacenes y talleres, de 195 M2, unidos por un patio de formación cerrado y techado de 58 M2,
El mando de la Gobernación Marítima y Guarnición Naval de Aysén, es ejercido actualmente por el Capitán de Fragata LT. Sr. Rubén Rojas Todorovich, dependiendo en su jurisdicción las Capitanías de Puerto Chacabuco, Capitanía de Puerto Lago General Carrera, Capitanía de Puerto Melinka, Capitanía de Puerto Cisnes, Capitanía de Puerto Aguirre, la Capitanía de Puerto Baker y la Alcaldía de Mar de Villa O'Higgins.